Gex 3: Deep Cover Gecko. es un videojuego de plataforma. Es la tercera y última entrega de la trilogía de videojuegos Gex. Danny John-Jules brindó la voz de Gex en el Reino Unido y en Europa y el comediante Dana Gould retomó el papel para el lanzamiento estadounidense, también protagonizada por la modelo de Playboy Marliece Andrada como Agent Xtra, el único personaje que aparece en acción real. A diferencia de los dos primeros juegos de Gex, las contraseñas no se usan para guardar (excepto en la versión de Game Boy Color). Un controlador de paquete en la Nintendo 64 o una tarjeta de memoria en la PlayStation fueron las únicas opciones para guardar. La versión N64 presenta pequeñas cantidades de secuencias FMV de acción real con Agent Xtra.
Mientras mira la televisión, Gex descubre que su compañera y amante, el agente Xtra, ahora la jefa de la "Unidad de Defensa de Terroristas de Televisión", ha sido reportada como desaparecida. Xtra se las arregla para ponerse en contacto con Gex y le informa que Rez ha regresado una vez más y la secuestró para atraerlo. A través de su guarida secreta, Gex vuelve a Media Dimension y circunnavega numerosos canales de televisión con la ayuda de su mayordomo, Alfred, y en el proceso libera y se hace amigo de los prisioneros de Rez, Rex y Cuz. Juntos, encuentran a Rez y lo desafían a una batalla final. A continuación, Rez se destruye de una vez por todas, y Gex guarda Xtra. Más tarde, cuando Xtra le dice a Gex sobre su tiempo en Media Dimension, Alfred intenta advertir a Gex de una emergencia mundial, pero es ignorado. El juego termina con Gex y Xtra haciendo el amor.
El juego sigue siendo similar al juego anterior, Gex: Enter the Gecko, con la adición de ciertos vehículos, como un tanque, un camello y un snowboard, así como una capacidad de deslizamiento disponible con ciertos trajes. También hay algunos aspectos del juego que solo se comparten con la primera entrega, como: Gex solo puede recopilar errores en todos los niveles (100 por nivel gana un control remoto) y niveles secretos, en lugar de la variedad de elementos que recopiló el Gecko (cráneos, émbolos de TNT, zanahorias, televisores, placas de policía, etc.). Él puede escupir fuego y hielo, así como nadar. A diferencia de Enter the Gecko, al perder una vida, Gex conserva solo la cantidad de errores acumulados hasta el último punto de control; si el nivel no tiene punto de control, Gex tiene que comenzar desde cero. Como hay cien por nivel, la recopilación de errores puede ser significativamente más difícil que los elementos en Enter the Gecko. Además, similar al primer juego de Gex, puede recolectar íconos de huella a lo largo del juego que le dan más energía, aunque a diferencia del primer juego, Gex retiene la energía (ocho hits en total) una vez que recolecta cien huellas. Gex 3 combina algunos aspectos del primer juego no visto en la segunda entrega, con la plataforma general en 3D del segundo juego. Los niveles se acceden a través de un centro más expansivo, con más áreas desbloqueadas a medida que el jugador recoge los controles remotos de cada uno de los niveles. Los jugadores pueden desbloquear y controlar tres personajes alternativos, Rex, Cuz y Alfred, durante las etapas de bonificación, aunque juegan de la misma manera.
